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尚未完全明了，公认本病为自身免疫性疾病。目前研究认为本病患儿体内存在多种自身抗体，其产生与细胞凋亡密切相关：主要是自身反应性T、B淋巴细胞逃脱细胞凋亡而处于活化增殖状态，引起机体对自身抗原的外周耐受缺陷，导致自身免疫异常而致病。促发因素包括：遗传、病毒感染、日光、药物等。
狼疮肾炎发病机制较为复杂，自身抗体在狼疮肾炎的发病机制中起重要作用：
（1）免疫复合物沉积导致肾脏损伤：致肾炎性自身抗体与肾小球内抗原直接结合；-循环免疫复合物或原位免疫复合物沉积。
（2）调节细胞凋亡：有作者观察到自身抗体能通过与细胞表面抗原直接相互作用进行核心定位，从而影响细胞的功能，调节细胞凋亡。在狼疮肾炎时，肾小球细胞凋亡存在异常：即在肾小球细胞异常增殖的同时，凋亡机制不能做出相应的反应，增殖和凋亡不平衡，后者明显减低，致使增殖占绝对优势。
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